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Olá leitor. Vou mostar como rodar o software Imagej ou Fiji (mesmo, mas mais completo que o ImageJ) na linha de comando (no ubuntu linux): Antes de mais nada vou alertando que abrir o Imagej (ou Fiji) desta forma, os plugins não aparecem.. Vamos imaginar que você baixou o Imagej ou Fiji numa determinada pasta (no caso a seguir é o Fiji). Num terminal, vá até a pasta: fiji-linux64/Fiji.app/jars \$ java -jar ij-1.51d.jar & O sinal & é apenas para desocupar o terminal. Pode ocorrer de o nome "ij-1.51d.jar" mudar com as mudanças de versão do Imagej ou Fiji. Desta forma você poderá executar o Imagej ou Fiji no terminal, chamar alguma função dele e automatizar alguma tarefa.

PhET (interactive simulations) Simulações incríveis para estudantes e professores. É possível fazer o download das simulações (arquivos ".jar"). https://phet.colorado.edu/pt_BR/simulations Clique para Iniciar Depois de feito o download, pode rodar desta maneira na linha de comando (ou DOS): \$ java -jar nome_arquivo.jar